Unter einem Endoparasiten versteht man einen Parasiten, der das Haustier von innen, meist im den Magen-Darm-Trakt, befällt. Die häufigsten Endoparasiten sind Würmer, es gibt aber auch noch die einzelligen Protozoen.
Im Inneren des Wirtes schwächen sie das Tier und dessen Abwehrkräfte, indem sie die Nährstoff- und Blutzufuhr schädigen und Gifte freisetzen. Die Störungen können  bis hin zum Tod des Tieres führen.

Die bedeutendsten Würmer von Haustieren sind zum einen Rundwürmer und zum anderen Bandwürmer.

• Rundwürmer sind die schädlichste Art der Endoparasiten. Die bekanntesten  Darmwurmarten sind die fadenförmigen Haken-, Spül- und Peitschenwürmer, die je nach Art zwischen 1 mm und 25 cm Länge anwachsen können. Sie heften sich mit ihrer Mundkapsel, die auch zur Nahrungsaufnahme dient, an die Darmwand des Opfers und ernähren sich dort vom Darminhalt du den körpereigenen Zellen und Blut. Im Darm siedeln sie sich dauerhaft und produzieren ihre Eier, die mit dem Kot wieder ausgeschieden werden und in der Umwelt bis zu zwei Jahre überleben können. Die Symptome für einen Rundwurmbefall bei ihrem Haustier  sind Erbrechen und Durchfall, ein aufgeblähter Bauch, struppiges, glanzloses Fell und Abmagerung. Manche Spülwürmer können in die Lunge wandern und dort zu erheblichen Lungenschäden führen und eine Lungenentzündung auslösen.
• Die flachen, bandartigen Bandwürmer kommen im Dünndarm vor. Auch hier gibt es unterschiedliche Wurmarten, wie beispielsweise den Gurkenkern- und Fuchsbandwurm oder die Taenien. Der Bandwurm selbst verursacht eher geringe Schäden am Wirt, aber die Entwicklungsstufe davon, die Bandwurmfinnen, können sich in verschiedene Organe im Körper einnisten. Sie können unter anderem zu Abmagerung und chronischen Husten und Entzündungen der Organe führen. Ein Bandwurmbefall kann, muss aber nicht unbedingt den Organismus krank machen.

Der Befall des Tieres mit Würmern kann beispielsweise durch rohes Fleisch oral erfolgen, welches mit Eiern oder Larven infiziert war. Hakenwurmlarven hingegeben gelangen perkutan, d.h. durch die Haut, in den Körper des Wirtes. Jungtiere sind besonders anfällig für einen Wurmbefall und können durch die Muttermilch oder die Plazenta weitergegeben werden.

Um das geliebte Haustier von einem Wurmbefall zu schützen, sollte es, wenn möglich, vorbeugend eine Wurmimpfung erhalten und stets auf eine ausreichende Hygiene geachtet werden.